La municipalité de Saint-Junien a fait le choix de s’engager dans la réforme des rythmes scolaires voulue par l’Etat, dès la rentrée de septembre 2013. Cette refonte doit permettre d’alléger le rythme scolaire en répartissant mieux le temps de classe. C’est pourquoi les enfants auront classe le mercredi matin. Le temps de classe est désormais réparti sur 5 matinées, et 4 après-midi avec un temps de classe plus court. La pause méridienne est allongée ce qui permet de proposer gratuitement aux enfants des TAP, Temps d’Activités Périscolaires.

La municipalité de Saint-Junien s’est toujours attachée à favoriser l’égalité d’accès à l’enseignement. Cela fait plus de cent ans que la gratuité des fournitures scolaires (livres, cahiers, stylos…) est assurée pour les élèves de maternelle et élémentaire. Depuis 1965, les livres scolaires sont également fournis gratuitement aux élèves du secondaire jusqu’à la terminale.
Le service éducation de la mairie gère les inscriptions dans les écoles maternelles et élémentaires, les inscriptions pour les transports scolaires, la facturation du restaurant scolaire et des accueils périscolaires , la prestation et le suivi des fournitures scolaires, l’organisation d’un voyage de fin de scolarité primaire.
La ville de Saint-Junien accueille également une antenne du CIO ainsi que des instituts spécialisés.